C'est la grande innovation de Newton par rapport à Descartes. Newton refuse de considérer sa théorie de la gravitation universelle comme une métaphysique. Il ne dépasse pas les limites de son domaine. Il cherche une formule mathématique rendant compte des cas concrets. S'il arrive à réduire les phénomènes naturels à un petit nombre de propriétés, il n'en déduit pas qu'il a réussi à expliquer le mécanisme de l'univers. Comme l'explique Voltaire, le savoir doit être soumis à des conditions et restrictions bien déterminées. On ne pourra pas déchiffrer l'essence des choses. Les idées ne contiennent pas en elles leur propre garantie (certitude) comme le croyait Descartes. Aucun principe n'est certain en soi. Même le mécanisme ne donnera pas la clef des énigmes du monde.

Mais alors qu'est-ce qui garantit l'unité et la vérité du monde? Comment s'assurer des lois universelles, éternelles et inviolables de la nature (p88)? Qu'est-ce qui garantit l'uniformité de l'expérience? Si ce n'est plus Dieu, alors c'est une logique, une certaine forme de certitude morale (p89), un axiome pratique qui ne nait pas de la nécessité de la pensée, mais de celle de l'action.