Quand les premiers symptômes de sa maladie se manifestent, en 1790, il dit qu'il tient à rester digne (il sait que ce sera difficile). En 1792, à la suite d'une crise plus violente avec paralysie temporaire et affaiblissement de la vue, il apprend que sa surdité est irréversible. Il se rend à Séville pour sa convalescence et, pendant un an, ne produit rien. Il ne recommence à peindre qu'au cours de l'été 1793. Que fait-il alors? Onze petites peintures sur fer-blanc qui expriment la violence et le tragique : Scènes de corrida, Vendeurs de marionnettes, Attaque de brigands contre une diligence, Naufrage, Incendie nocturne et surtout Le Préau des Fous, tableau célèbre.

Avec les Caprices (1797-99), Goya s'attaque avec une impitoyable impartialité à l'iniquité sociale et aux vices. Il dénonce les défauts des Lumières comme ceux de la religion. L'Inquisition le condamne pour blasphème. De son vivant, il ne vendra ses gravures qu'à l'étranger; la plupart seront publiées après sa mort.

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Cette année de silence, qu'on rattache à sa maladie, est une période de terrible déception politique. La révolution française, en laquelle il avait mis des espoirs, dérape vers la violence et la terreur. La concomitance des deux événements a contribué à la singularité du génie de Goya : il a perçu en même temps la modernité émergente et ses fantômes.