La racine Aden ou Eden (אדן) signifie base, piédestal, socle. Adon veut dire maître, Adoni, mon maître, il est remarquable qu'Adonaï soit le pluriel d'Adoni, comme s'il fallait respecter la pluralité d'Elohim, la réitérer. Le syntagme Yhvh-Elohim, fréquent dans le texte, associe lui aussi un singulier et un pluriel.

Le mot Adonaï pourrait être traduit par : mes socles, mais c'est aussi mes maîtres, mes Seigneurs. Pourquoi avoir choisi ce mot ? La tradition est ancienne, probablement antérieure au travail des massorètes, qui ont vocalisé la Torah. Au maître, on doit reconnaissance et obéissance; il serait le socle sur lequel l'univers repose.

L'interdiction de prononcer le mot Yhvh conduit à le remplacer par d'autres mots. Si l'on considère que Yhvh est un nom, on peut le remplacer par Hachem (le nom). Si l'on considère que le nom de Dieu lui-même est inconnu et que Yhvh n'est qu'un substitut, on le remplace par cet autre mot, Adonaï. C'est aujourd'hui l'usage le plus courant.

On ajoute parfois les voyelles d'Adonaï (a, o, ï) pour écrire Yhvh, mais ce n'est pas une vocalisation. C'est plutôt un avertissement : attention! il faut remplacer par Adonaï.